Por el hecho de remover la capa superficial de la córnea y esperar que se regenere por completo, esta técnica quirúrgica lleva una recuperación mucho más lenta que la cirugía lasik. Además los pacientes suelen tener algunas molestias y dolor posterior a la cirugía, lo que se puede controlar con analgésicos en gotas u orales.
A pesar de la larga recuperación y molestias postoperatorias, la cirugía PRK suele ser la indicación para algunas personas a las que por diferentes motivos, no se puede realizar la cirugía lasik. La principal indicación es un espesor de córnea delgado, que no permite realizar el corte de la córnea como en la cirugía lasik por riesgo de complicaciones posteriores. En algunos de estos pacientes, previa evaluación con exámenes, la cirugía PRK si está indicada, por lo cual puede ser la opción para corregir sus defectos de visión.